9 июля 2016 года Магомед Нурбагандов с родственниками отдыхал в лесу недалеко от села Сергокала. Утром к их палатке подошли пять вооружённых человек и в грубой форме стали будить отдыхающих. После короткой словесной перепалки был застрелен двоюродный брат Магомеда Абдурашид Нурбагандов (посмертно награждён орденом Мужества), вступившийся за малолетнего брата, которого ударил ногой один из нападавших.
Узнав, что Магомед Нурбагандов является действующим сотрудником полиции, нападавшие затолкали его и брата в багажник машины, а затем, отъехав на некоторое расстояние от зоны отдыха, застрелили.
Нападавшие снимали всё происходящее на камеру мобильного телефона. В ходе проведения оперативно-розыскных мероприятий в отношении боевиков несколько из них были ликвидированы, двое — задержаны. У уничтоженных боевиков был найден мобильный телефон, на который велась видеосъёмка. Стало известно, что перед убийством Магомеда принуждали призвать своих коллег уйти с работы, но он, глядя смерти в лицо, сохранил свои честь и достоинство. Последние его слова были: «Работайте, братья!». Это послужило призывом к борьбе с терроризмом для всех сотрудников правоохранительных органов.
Указом Президента Российской Федерации № 486 от 21 сентября 2016 года лейтенант полиции Магомед Нурбагандов посмертно удостоен звания Героя Российской Федерации за мужество и героизм, проявленные при исполнении служебного долга.
Память:
Именем Магомеда Нурбагандова названа центральная улица села Сергокала. Также в Сергокале будет установлен бюст герою. 10 ноября 2016 года Указом Главы ЧР в Грозном открыта улица, установлены три мемориальные плиты в селе Сергокала, в школе, дома и на улице.
При поддержке МВД РФ учреждена и вручается на Международном фестивале народного единства «Белые журавли России» международная премия «Работайте, братья!» им. М. Нурбагандова.
Просветительским Проектом народного единства «Белые журавли России» издана антология современной патриотической и военной песни России «Работайте, братья!».
26 ноября 2016 года в честь Магомеда Нурбагандова названа Дибгаликская средняя школа Дахадаевского района Дагестанской республики. В конце мая 2017 года улицу Николаева в Махачкале переименовали в улицу братьев Нурбагандовых.